Чемпионат мира 1990 

После победного чемпионата мира 1986 сборная Аргентины перестала показывать высокие результаты. На Кубке Америки 1987 года команда заняла только 4-е место, несмотря на игру Марадоны, который, выступая с тендинитом приводящих мышц, забил 3 из 5 голов национальной команды, включая первый мяч турнира, 27 июня на 47-й минуте матча с Перу. В списке лучших бомбардиров Марадона лишь 1 мяч уступил лучшему снайперу Кубка, колумбийцу Арнольдо Игуарану. В 1989 году Аргентина заняла 3-е место, а сам Марадона, сильно уставший (за сезон он провёл более 50 игр) и имевший проблемы с задней поверхностью бедра, не забил ни одного гола. За несколько месяцев до мундиаля Марадона даже сообщил, что откажется от участия в мировом первенстве, если не будет хорошо подготовлен.

Финальный турнир 

За несколько дней до турнира у Марадоны отслоился ноготь на правой ноге. Из-за этого он не мог бегать и тренироваться. 3 июня в институте Даль Монте в Римена ноготь Диего был наложен защитный лубок из карбонового волокна. Уже на следующий день Марадона провёл полноценную тренировку.

Финальный турнир чемпионата мира 1990 начался для Аргентины 8 июня матчем с Камеруном на стадионе Сан-Сиро, и в первой игре Аргентина проиграла 0:1. По мнению Марадоны, причиной поражения стал тот факт, что Клаудио Каниджа не вышел в стартовом составе национальной команды, а остальные форварды сборной были «незабивными». Другой причиной поражения Диего назвал грубую игру камерунцев, в особенности Бенжамина Массинга, действовавшего персонально против Марадоны. Второй матч, против сборной СССР, проходил в Неаполе, в родном городе клуба Диего. Аргентина победила 2:0, причём после удара Олега Протасова Марадона выбил мяч с линии ворот рукой, однако арбитр встречи не заметил эпизода. В третьей игре, также проходившей в Неаполе, Аргентина сыграла вничью с Румынией 1:1 (Диего сделал голевую передачу) и вышла из группы с третьего места благодаря большему количеству набранных очков по сравнению с другими командами, занявшими третьи места в своих группах. В игре с Румынией Марадона получил болезненный удар по щиколотке левой ноги, из-за чего в оставшиеся матчи играл на болеутоляющих уколах.

В 1/8 финала Аргентина встречалась с Бразилией, за которую играли партнёры Диего по «Наполи» — Карека и Алемао. Бо́льшую часть матча бразильцы имели колоссальное преимущество и только благодаря везению и второму вратарю аргентинцев Гойкоэчеа их ворота остались не прикосновенными (неоднократно мяч после ударов бразильцев попадал в каркас ворот), но на 81-й минуте, Марадона совершил свой фирменный проход, обыграв нескольких игроков сборной Бразилии, находясь в окружении трёх соперников, Диего смог, падая, вывернуть ногу и отдать очень точную передачу между ног противника на Клаудио Каниджу, который, в свою очередь, забил победный гол. На стадии 1/4 финала Аргентина победила в серии послематчевых пенальти Югославию, при этом Марадона свой пенальти не забил.

В полуфинале аргентинцы встречались с хозяевами турнира, итальянцами, которые до этого выиграли все матчи на турнире. Игра проходила в Неаполе. Накануне матча Диего дал интервью, в котором сказал: «Мне не нравится, как все теперь призывают неаполитанцев быть итальянцами и поддерживать сборную. Неаполь всегда был оторван от остальной Италии. Этот город всегда страдал от несправедливого расизма». После интервью, глава болельщиков «Наполи», Дженнаро Монтуори сказал: «Мы будем поддерживать Италию, уважая при этом Аргентину и аплодируя ей». На самой игре висели плакаты с надписями: «Диего в сердцах, Италия в наших песнях», «Марадона, Неаполь любит тебя, но Италия — наша Родина». Игра завершилась вничью 1:1, а в серии послематчевых пенальти выиграли аргентинцы. Победный пенальти забил Марадона. После игры, в месте базирования команды, неизвестным был сорван флаг Аргентины, что привело Диего в ярость.

В финале Аргентина проиграла команде ФРГ со счётом 0:1 после небесспорного пенальти, забитого немцами. В этой игре Марадона запомнился тем, что получил последнюю жёлтую карточку на турнире. Причиной неудачного выступления Диего в финале называлась игра Лотара Маттеуса, который персонально действовал против Марадоны. Когда матч завершился, Марадона расплакался на поле. Послематчевое вознаграждение окончилось скандалом: Марадона отказался пожать руку президенту ФИФА, бразильцу Жоао Авеланжу, посчитав, что тот специально подстроил так, чтобы аргентинцы не выиграли. За свою игру на мундиале Диего получил «Бронзовый мяч» как третий игрок чемпионата мира.

11 октября, через несколько месяцев после завершения чемпионата мира, Марадона объявил:

Я больше не буду играть за сборную. Я долго обдумывал это решение и сделал свой выбор. Он ранит меня, но я оставляю пост капитана в любимой команде, но я вынужден это сделать. Мне лгали, меня выживали из команды. Жоао Авеланжа во время визита в Аргентину встречали как короля, будто ничего не случилось. […] В довершение всего Хулио Грондона написал письмо Виоле, президенту «Ромы», с благодарностью за то, как он к нам относился, и ещё невесть за что. Значит я, Руджери, Хиусти, Браун — мы все идиоты?! Они даже не обратили внимание, как дурно с нами обращались в Италии! Грондона — вице-президента ФИФА, но, когда у нас украли победу в финале, он палец о палец не ударил! Несмотря на всю боль от такого решения, несмотря на то, что мне очень нравится быть капитаном сборной, я ухожу.

1990/1991 

После чемпионата мира 1990 Марадона уволил своего агента Гильермо Копполу и назначил нового, Маркоса Франки. Футбольный сезон начался позитивно — «Наполи» выиграл Суперкубок Италии. После этого Марадона провёл ещё 24 игры, в которых забил 10 голов. В Лиге чемпионов неаполитанская команда сыграла неудачно, проиграв московскому «Спартаку»; при этом на решающую ответную игру Диего прилетел не вместе с командой, а на день позже на частном самолёте. 17 марта 1991 года после матча 25-го тура чемпионата Италии с «Бари», выигранного 1:0, футболист был выбран в числе игроков, которые должны пройти тест на допинг. Проверка показала наличие у Диего в организме кокаина. Итальянская федерация футбола приняла решение о дисквалификации Марадоны на срок 15 месяцев. Адвокаты попытались оспорить дисквалификацию, однако апелляционный комитет оставил решение в силе. 24 марта, за несколько дней до дисквалификации, Марадона провёл свой последний матч за «Наполи»: его клуб проиграл со счётом 1:4 «Сампдории»; единственный мяч неаполитанцев забил Диего с пенальти.

По мнению Марадоны, анализы были подделаны благодаря вмешательству президента итальянской федерации футбола, Антонио Маттаррезе, который отомстил Диего за поражение сборной Италии от сборной Аргентины на чемпионате мира 1990. Сам Марадона утверждал, что хотя и принимал наркотики, но всегда самостоятельно проводил допинг-тесты, чтобы накануне игр у него в организме не оставалось ни следа от принимаемых препаратов.

1 апреля Марадона принял решение вернуться в Аргентину, заявив, что хочет уделить всё свой время время семье, и что он устал от футбола. 26 апреля в доме Диего на улице Франклин в районе Кабальито Марадона с двумя своими друзьями был арестован за хранение наркотиков: у него были обнаружены 36 грамм кокаина. На следующий день после уплаты залога в 20 тыс. песо Марадону освободили из-под стражи. До начала судебного процесса судья Амелия Беррас де Видаль наказала Диего пройти курс реабилитации. По мнению Диего, вся процедура задержания была инсценирована властями Аргентины. В сентябре 1991 года Марадона был заочно осуждён в Италии на 14 месяцев условного заключения за обнаруженный в подвале его дома кокаин.

Во время процесса реабилитации, который должен был помочь Диего избавиться от длительной зависимости (впервые он попробовал наркотики ещё во время игры за «Барселону»), Марадона принял решение участвовать в разнообразных благотворительных матчах. 3 августа 1991 года Диего провёл матч в пользу больницы Фернандеса. Он должен был играть в матче, посвящённом памяти Хуана Хильберто Фунеса, футболиста, умершего 11 января; в минуту смерти Марадона был с ним. Однако 15 апреля ФИФА послала факс президенту АФА Хулио Грондоне, в котором не одобряла возможность игры Марадоны в матче и указала, что за его участие к другим игрокам могут быть применены некоторые санкции, согласно действующим правилам. Однако футболисты, принявшие участие в этой игре, приняли единогласное решение о присутствии Диего на поле, для чего обслуживать матч были приглашены арбитры, не являющиеся членами АФА, а сама организация, таким образом, самоустранилась от организации матча. По поводу поведения ФИФА Марадона сказал: «Никто в Аргентине не будет плакать по Блаттеру, Авеланжу и другим чиновникам после их смерти». 27 февраля 1992 года Марадона сыграл матч, все сборы от которого пошли детям-инвалидам. В городе Посадас Диего провёл игру, сборы от которой пошли местной больнице. Также Марадона играл в мини-футбол в телепрограмме «Ритмы ночи».