Новый чемпионский титул и две победы в Кубке Футбольной лиги
В сезоне 2008/09 «Манчестер Юнайтед» вновь стал чемпионом английской Премьер-лиги, а Фергюсон стал первым тренером в истории, выигравшим чемпионат Англии на протяжении трёх сезонов подряд дважды (первый раз — в период с 1999 по 2001 годы, второй — с 2007 по 2009 годы). Победа в Премьер-лиге стала для Фергюсона 11-й, а всего «Манчестер Юнайтед» выиграл свой 18-й титул чемпионов Англии (с учётом 7 кубков Первого дивизиона Футбольной лиги), сравнявшись по этому показателю с «Ливерпулем». В 2009 году клуб также выиграл Кубок Футбольной лиги, одержав в финальном матче победу над «Тоттенхэмом» в серии пенальти.
В мае 2009 года «Манчестер Юнайтед» сыграл в финале Лиги чемпионов против «Барселоны», но уступил трофей испанскому клубу, проиграв матч со счётом 2:0.
В сезоне 2009/10 «Манчестер Юнайтед» вновь выиграл Кубок Футбольной лиги, на этот раз победив в финале «Астон Виллу» со счётом 2:1. В Лиге чемпионов «Юнайтед» дошёл до четвертьфинала, где уступил «Баварии» по правилу выездного гола. В Премьер-лиге клуб уступил чемпионский титул лондонскому «Челси», опередившему «Юнайтед» лишь на одно очко.
8 августа 2010 года Фергюсон выиграл очередной Суперкубок Англии после победы «Юнайтед» над «Челси» со счётом 3:1.
19 декабря 2010 года сэр Алекс Фергюсон стал рекордсменом среди тренеров «Манчестер Юнайтед» по длительности пребывания на посту главного тренера, побив рекорд, принадлежавший сэру Мэтту Басби (24 года, 1 месяц и 13 дней).
14 мая 2011 года «Манчестер Юнайтед» завоевал 19-й титул чемпионов Англии и стал рекордсменом по победам в национальном первенстве, обойдя «Ливерпуль».
7 августа 2011 года Фергюсон выиграл ещё один Суперкубок Англии после победы «Юнайтед» над «Манчестер Сити» со счётом 3:2.
В сезоне 2012/13 «Юнайтед» выиграл Премьер-лигу, став чемпионом Англии в 20-й раз в своей истории. Это была 13-я победа Фергюсона в Премьер-лиге.
8 мая 2013 года сэр Алекс Фергюсон объявил о решении уйти в отставку с должности главного тренера клуба по окончании сезона.